这些军官们现在“身居高位”，让他们放弃检点、军帅这等烂大街的名号，再去当个两司马，旅帅，这些人坚决不接受。还有些军官门倒不是不接受在新部队里头当一个军官，但是他们不能接受自己再也不能当草头王了。对这些军官，还有依附于这些军官的士兵，林凤祥等人毫不客气的把他们从部队里头给驱逐出去，安排他们到天京城驻扎。
当然，李秀成参观过新部队。只见这些部队的精气神和其他太平军的部队完全不同，一定要形容的话，这支部队看起来与李秀成印象中韦泽的部下颇为相似。
即便是看到了这样的变化，李秀成依旧不肯答应按照林凤祥提出的方案建立总参谋部制度。李秀成是个聪明人，他当然知道好坏，更知道林凤祥采取的整编模式是正确的。而且林凤祥一点都没有藏私，他总参谋部制度的核心理念向李秀成说的明白。
兵为将有乃是封建军队的特点，这首先就是上层为了平衡下面权力的手段在里面。一个大军头下面是很多并行的小军头，不仅小军头之间没有隶属关系，大军头甚至都不能侵犯小军头的利益，如果大军头开始吞并小军头的兵力，那将引发整个小军头们的集体反对。
大军头真正能够指挥的动的，是他自己的直属部队，也就是亲兵。为了让直属亲兵部队更有凝聚力，更加齐心，这些直属亲兵部队就得给与更高的待遇。当然高待遇又引发了另外的问题，那就是限于财力，直属亲兵部队的规模无法弄得很大。
而总参谋部制度里面，军权、财权、人事权，统统在总参谋部手中，连参谋们甚至都不是固定的，总参谋部制度中的人员调动机制，军官在指挥官与参谋之间来回调动，实现了对不同岗位的体会。总参谋部体制下的每一个人都不拥有私人武装，更没有源自私人的特权，每个人都只是总参谋部这个制度下的一份子。
林凤祥没有藏私，他把这些说明的非常透彻。光这一条就让李秀成吓坏了，林凤祥讲出了李秀成这些年统御部队的核心要点，更重要的是，有些要点李秀成只是本能的去做了，却没想到林凤祥除了指出这种做法之外，甚至把这些做法的内在原因都给讲出来。
林凤祥很早之前就开始模仿韦泽的总参谋部制度，据林凤祥所说，他也是最近一年多才明白了总参谋部的真意所在。这些真正核心的内容林凤祥他们根本不知道，在韦泽把总参谋部制度改城党委负责制的时候，一些出于理念或者别的一些因素的人选择了离开，离开的一部分人跑到了林凤祥这里。自此，林凤祥才知道了光复军总参谋部的真正营运理念，以及营运方法。
有几年照猫画虎的基础，又得到了真传，林凤祥他们实施整编的时候还遭到了近半军官的反对。而林凤祥、陈玉成他们手段极为强硬。反对者与反对者的支持者统统送去天京城护卫天王。天王洪秀全曾经给陈玉成两个重要将领封王，这两个人立刻就不知道自己是老几了，尝试着与陈玉成“平起平坐”，陈玉成付出了驱逐将近四分之一人马的代价，把这两个“祸害”和他们的部下统统送去天京城，让他们听候天王调遣。
李秀成自家人知道自家事，若是他也搞起总参谋部来。他手下那“二十万”大军能省下五万么？而且剩下的那些人会是精锐么？李秀成自己完全没有信心。
“林大哥，整编的事情还是再等等吧。小弟我会尽快，会尽快！”李秀成最后只能对林凤祥这么说道。
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