倭仁病隐之后，争论远未结束。倭仁一系的支持者甚多，朝廷接二连三地接到攻击开设算术馆的奏折。有些奏折言辞非常激烈，譬如候补内阁侍读学士钟佩贤，就拿当年的天旱为由头，批判这是朝廷故意为难倭仁所致；候选直隶州知州杨廷熙，则把当年久旱不雨的原因归结为朝廷开设了算术馆，甚至还扩大到对同文馆的批判，说同文馆这个名字是宋代奸臣蔡京陷害忠良的监狱的狱名，建议算术馆并同文馆一并裁撤，如此才能够杜绝祸乱之萌生、端正风俗教化、弥合天变、顺应人心。
杨廷熙的奏折受到了朝廷谕旨的痛斥。谕旨并将病隐的倭仁指责为杨廷熙的幕后主使，要求倭仁病好之后立即到总理衙门上班。当倭仁再度上奏请病假时，朝廷顺势剥夺了其翰林院掌院学士和管理户部事务的职权。
表面上看，这次同文馆风波，朝廷和恭亲王站在一起，用行政手段打压了倭仁一系的意见，获得了胜利，天文算术馆也得以设立。但这种“胜利”其实是很惨淡的，甚至根本称不上“胜利”，反而可以用“惨败”一词来形容！
个中缘由在于：由于倭仁的半路杀出，造就出严重的社会舆论压力，导致天文算术馆几乎招收不到什么科举出身的“正途人”。第一次招生，“正途投考者寥寥”，恭亲王等人无奈，只好把非科举出身的杂人也编到一起，总共才得到98人。考试的时候，又有26人缺考。最后勉强录取了30名，半年后的例考，又淘汰了20名“毫无功效之学生”，最后仅剩10人，不得不与外文馆学生合并。开设仅半年，天文算术馆即名存实亡。因为倭仁带头反对科甲出身的“正途人”跟从“夷人”学习算术的最重要的理由，是担心这些科甲士人——大清帝国意识形态的中流砥柱——会被狡猾的“夷人”引诱同化，进而损害所谓的“立国之本”；结果那些科甲出身的“词馆曹郎”，均以学算术为耻辱，“竟无一人肯入馆者”，当时知识分子对传统意识形态的坚持，由此可见一斑。
同文馆风波清晰地展现出：在19世纪60年代的中国，主流知识分子仍然顽固地坚守着传统，拒绝任何改变。
倭仁虽然遭到了皇权的粗暴打压，但却“盛负时望”，其在士林中的声望反较之前更高。京师的士大夫，编造了各种段子和谣言来支持倭仁，譬如在同文馆门前贴“大字报”：“胡闹胡闹，教人都从了天主教”；又讥讽同文馆的馆名：“未同而言，斯文将丧!”
远离京城的士大夫，同样是倭仁的强力后援。著名史学家李慈铭在老家丁忧，读到邸报上刊登的同文馆争论，大发感慨，说朝廷开设同文馆，是“以中华之儒臣而为丑夷之学子”，稍有人心之人，都不会肯去入学的。如今有人去学，说明这个世界已经是“礼义尽丧，士习卑污”，大叹人道沦丧，家国可忧！
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