基于最大安全性考虑，为了避免或者最大程度减少人类精英科学家继续遭受病毒袭击的损失，最高危机指挥部做出决定，让剩下的科学家们分别搭乘海军的核动力攻击潜艇，在病毒危机减缓之前，他们会一直待在深海之下，理论上，只有在那里他们才是最安全的。
这个代号“方舟”的避难计划看上去很美好，但具体执行起来却面临很大困难。
首先，要避免科学家们之前已经感染病毒，并处于潜伏期内，万一是这种情况，那不但科学家会在海底病情发作，而且毫无困难地，尼罗河病毒会以极高速度侵蚀这艘潜艇，在那种狭小空间之下，没有人可以幸免。
幸好，肖教授及时开发出了“蓝雪”，尽管作为疫苗，这种从神秘笔记本电脑上取得软件协助研发的药物有可怕的副作用，但是它还是可以被当做可靠的监测信号灯使用。
有了“蓝雪”，把这种药剂和人类血液样本相混合，受到病毒感染的细胞会发出晶莹闪光的蓝色。靠着这种药物，等待上船的科学家队伍里，又找出了三名潜伏期的感染者。
没有感染病毒的科学家们乘坐完全隔离的飞机，使用一种全自动操作的空降着陆舱，在不接触任何操作人员的情况下，自主降落到与潜艇预先联系的汇合点。
然后，指挥部好不容易找到了足够的**，这些都是在病毒危机爆发之前离开港口，开始远洋巡逻的潜艇单位。
幸亏这些年里，在充足财力支撑下，海军开始了“下饺子”操作。这样的神操作打造出了比正常建造数量几乎多一倍的**战队规模。
眼下，正是因为规模庞大的**战队，精英科学家们才得以分散，各自搭上了救命方舟。
本来，如果美利坚和俄国恩德的潜艇可以参加这个行动，科学家们的可以更加从容地寻找避难场所。但是，危机爆发之后，美利坚彻底陷入“沉默”，没有了统一指挥体系，昔日庞大而先进的美利坚**战队根本无法利用。
俄国恩德的情况更加糟糕。昔日庞大的舰队早已经因为经济原因而大幅度缩水。就在病毒危机爆发之前半年，庞大的“北极熊双头鹰帝国”已经无法支付**出海巡航的费用，海上巡逻的一艘“亚森”级核动力攻击潜艇和一艘“北风之神”战略导弹潜艇向后与基地失去联络，根据推测，这两艘潜艇必定遭遇了“尼罗河病毒”的侵袭，现在估计已经沉入了寒冷的大西洋海底。
至于欧罗巴，更是悲剧。危机爆发之前，法兰西潜艇就因为国内事务回到了位于土伦的港口基地。英吉利的一艘“前卫级”**之前一直在大西洋巡航，大概是艇上病毒爆发，狂乱的艇员竟然发射了三枚“三叉戟D5”战略导弹，而且目标正是水深火热之中的欧罗巴州。
最后，三枚导弹被自动引爆，是谁拯救了欧罗巴？现在还无从知晓，因为在危急解除之前，这些无关紧要的小事还提不到调查的日程上来。
最后时刻，那些老牌海军无一能派上用场，唯一值得信赖，可以依靠的也只是中华潜艇战队一家而已。
作为200号天体的发现人，张远舟第一批被送上巡逻在太平洋的“长城”级核动力攻击潜艇。这是一艘三年前建造完成的新一代“海洋黑洞”，这个潜艇艇员组出海已经九个半月，他们本来应该在两个月之前回答基地，被新的乘员组替换，开始为期三个月的岸上休整时光。但是，在危机爆发之后，他们的回港计划被中止，潜艇继续在太平洋海区“静默潜航”。
与张远舟一起和潜艇汇合的还有空投自动物资补给舱，考虑到安全性，补给物资里只有各种罐头，还有脱水素菜。
艇员们已经透过艇上广播了解到了世界正处于“尼罗河”危机之中。他们默默地从落在海上的自动补给舱里把补给物资转运上潜艇。没有人知道危机什么时候解除，下一次补给又会是何时进行。
艇上给了张远舟最好的住宿条件，他享受了艇长待遇，甚至还有一间靠近机密通信舱的独立工作室。艇长指派了两名中尉军官担任科学家护卫，他们装备了从武器室取来的两只92G自动手枪，轮班在科学家的工作室前守卫。
之所以安排科学家工作室紧挨着通信室，就是考虑到他们要和后方基地联络的需要。
张远舟很快适应了潜艇上的环境，他没有时间抱怨生活条件，而是集中精力分析计算，考虑200号飞行体的真实意图是什么。
在经过火星，进入地月系统之后，200号的引擎停机，所有的地面望远镜，空间望远镜全都失去了踪迹。
根据最后的飞行轨道，张远舟推断，200号天体不是隐形了，也不是悄然返回老家。他唯一可以待的地方只能在月球背面。
之前，人类发射了一个探测器与200号天体汇合，可在那次为时不到三秒的飞掠任务之后，探测器已经飞入了遥远的小行星带。
如果是在太平时节，人类自然可以发射另外的探测器去捕捉200号天体。但是现在，因为军事免疫管制的需要，需要大规模人类活动支撑的航天发射无法再次进行。
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