经过一番战斗，虽然打退了一部分古代神奇宝贝，却引出了一个BOSS级的神奇宝贝，化石翼龙出现在众人面前。
“化石翼龙。没想到能在这儿见到它！”小智惊讶的说着，虽然知道这个家伙在这，亲眼见到后还是吃了一惊。
“化石翼龙！？也是古代神奇宝贝吗？”一旁的小刚和小霞对这只神奇宝贝很是陌生。
小智随即拿出图鉴解释着，“化石翼龙，古代神奇宝贝，因为发现的化石显示它有锐利的獠牙，因而被认为是肉食性神奇宝贝，研究者想象中它是用锋利的爪子来捕获猎物的；因为发现的化石中有翅膀，所以极有可能是飞行系的神奇宝贝，但关于他的一切几乎是个谜。”
“小智，看上去，这只神奇宝贝很不好对付，你看看你的尼多王他们，虽然他们还想战斗，但是化石翼龙天生的威吓让他们动弹不得啊。”细心的小刚发现了尼多王他们的异状，提醒着小智。
“可恶啊，食肉动物的威吓么。回来吧，尼多王、尼多后、妙蛙草，你们已经做得很棒了！”小智无奈收回了自己的神奇宝贝。
“小智，我们怎么办，它不会要吃了我们吧？！”小霞看着眼前凶神恶煞的化石翼龙，哆哆嗦嗦的说着。
“搞不好是这样的，图鉴上也说了，这家伙是食肉动物，这么多年没出现，肯定想饱餐一顿。”小智严肃的看着眼前的一切，回答小霞的同时，思考着解决的办法。
“小刚，事已至此只能打败他才能跑掉了。用大岩蛇驱赶那些小喽喽，这个家伙就交给我吧！”小智决定放手一搏，交代了小刚几句，小刚随即放出大岩蛇，护在小霞和自己身前。
化石翼龙看见大岩蛇出现，轻蔑的扫了一眼，大吼一声，刚才还安静的站在一旁的菊石兽们纷纷朝着小刚他们冲了过去，还好大岩蛇有身体优势，不断使出铁尾，驱赶了菊石兽，小刚和小霞暂时不会有危险了。
“化石翼龙，你的对手是我，我要收服你！”小智冲着化石翼龙大喊，气势上不能输。
化石翼龙似乎对小智的挑战很是气愤，愤怒的吼叫着。
“去吧！喷火龙，展现你的实力吧！”小智派出了喷火龙对抗化石翼龙，毕竟化石翼龙也会飞行，喷火龙出战不会再空战上吃亏，战斗一触即发。
喷火龙一登场便高度紧张，神情严肃的注视着面前的对手，似乎也感觉到这是个劲敌。
“喷火龙，这可能是你现在遇到的最强对手了，对方的力量不在你之下，而且除了飞行系还很有可能有岩石系的属性，一定要小心它的牙齿和爪子！”小智在一旁叮嘱着，喷火龙也点点头以示回应。
化石翼龙发现喷火龙并未受到自己威吓的控制，也收起轻蔑的眼神，两只神奇宝贝注视着对方，空气中似乎要迸发出火花了。
“上吧，喷火龙！喷射火焰骚扰它！洞窟里战斗空间太小，把它引出洞窟！”小智明白洞窟的战斗环境局限性太大，指挥喷火龙引诱化石翼龙出洞，喷火龙接到指令，迅速发出喷射火焰。
化石翼龙并未躲避，使出猛撞直冲向火焰，在巨大的冲击下，喷射火焰被一分为二，喷火龙躲闪不及被直接壁咚，撞在了洞窟的墙壁上。
“可恶，好快，果然有岩石系的属性，火系绝招效果太差了。喷火龙还好吧！”小智被化石翼龙的速度惊呆了，询问着喷火龙的情况。
喷火龙爬了起来，看上去被撞的不轻，不过还是叫了一声，示意自己没事。
“很好，我想我们已经引起它的注意力，喷火龙，飞起来吧，冲出洞窟！”小智感觉已经吸引了仇恨，随即指挥喷火龙飞出洞口。
喷火龙张开双翼，急速飞出洞窟，化石翼龙不知道是很久没有碰见对手了，还是真的被小智激怒，也跟着飞了出去。
小智跟着跑出洞窟，追上去后，发现两只神奇宝贝互有攻守，已经打了起来。
喷火龙不断使出喷射火焰，奈何火系绝招效果减半，化石翼龙并未收到太多的伤害，反观另一边，化石翼龙不断使出岩石利刃，锋利的岩石不断飞向喷火龙。喷火龙疲于躲避，还是被几块碎石集中，因为属性的克制，受了不小的伤害。
“可恶，这样下去对喷火龙太不利了。喷火龙，使出龙之怒！”小智看着目前的不利态势，下令使出大绝招。
喷火龙大吼一声，将巨大的火球积蓄在身前，蓄势待发；化石翼龙也不甘示弱，一颗黄色的光球也积蓄在身前，是它的招牌绝招破坏死光。
双方的绝招同时释放，一红一黄两道光叔碰撞在一起，发生了剧烈的爆炸，两边都没占到便宜，看起来实力相当。
“喷火龙，趁现在，破坏死光会产生导致它不能移动，冲上去...什么！怎么可能！！”正在小智准备利用破坏死光使出后的休息状态攻击时，化石翼龙冲破爆炸的烟幕，使出钢翼，再一次撞飞了喷火龙。
“难道这只化石翼龙不会被破坏死光的副作用影响么！可恶啊！越来越麻烦了！”小智被惊呆了，现在的状况对他们来说极度的不利。
虽然喷火龙再次飞了起来，但也开始喘上粗气，受到伤害有点多了。
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