经历了8个道馆的洗礼，小智终于获得了参加关都联盟石英大会的参赛资格。小智也在回到真新镇之后开始实施自己的特训。
一大早，吸盘魔偶忙着楼上楼下打扫着卫生，小刚和小霞也在帮着花子妈妈准备早餐，小智独自在后院训练着自己的神奇宝贝。
“妙蛙花，尝试缩短阳光烈焰的聚气时间；皮卡丘，铁尾的下坠时间要控制一下，尼多后，做的很好，多跟尼多王学习技能，哈克龙，迷你龙就交给你了，卡比兽不要一出来就睡啊...”小智有条不紊的训练着。
“小智，一大早就这么有精神啊，快来吃饭吧，早餐已经准备好了。一会儿不是还要去大木博士家么？”看着小智这么有精神，花子妈妈十分的高兴。
“各位，神奇宝贝食物也都准备好了，是小刚亲手做的呦。”小霞则招呼着神奇宝贝们。
大家开心的吃完了早餐，一行人启程前往大木研究所。
而在另一边，常磐森林的深处，火箭队一行人垂头丧气的走着。
“结果又要空手而回了，不知道又要被老大说什么。”武藏和小次郎无奈的说到。
“总之不管怎么样，我们毫无疑问的要被开除了喵。”喵喵绝望的说到。一开场就是好讨厌的感觉。
“对了，反正都是要被开除，我们为什么要特意回来挨一顿骂。像是个没大脑的傻瓜啊。”回过神来的火箭队三人组发出了灵魂拷问。
由于小智提前说服了超梦，导致它在常磐道馆就逃离了火箭队的控制，所以并没有发成基地爆炸的剧情，火箭队回到位于常磐森林的火箭队基地，向坂木汇报了近期的状况。
“说实话，你们几个让我很失望，不过我给你们一个将功补过的机会，照老样子去做吧，继续跟紧那个叫做小智的小鬼，其他的我就不再追究了，下去吧。”说完就下了逐客令。
武藏三人呆呆的望着彼此，似乎没有想到事情会这么简单的解决。
“老大说让我们照老样子去做是什么意思啊，还要我们跟紧小鬼头。”武藏有些不理解坂木的话。
“老大居然大发慈悲的没有开除我们哎，那就意味着我们还能继续当火箭队哎。太感动了。”小次郎明显忽略了问题的重点。
“老大一定也发现了那只皮卡丘的不凡之处，我以火箭队的名义发誓，一定要替老大抓住那只皮卡丘！”火箭队三人暗暗发誓。
画面回到真新镇，小智等人来到大木研究所，“大木博士，不好意思打扰了，我是小智！”一进门，小智打着招呼。
“哦，小智啊，我才想说你们应该回来了，快来吧，小茂刚好也在家。”大木博士热情的招待着。
众人来到客厅，一个刺猬头的少年正坐在沙发上喝着红茶。
“小智，你终于回来了，我等你好久了。”小茂没有了之前的玩世不恭，礼貌的打着招呼。
“从常磐市回来的途中又遇到了点麻烦，耽搁了一天。”小智无奈的说到。
“小智，你和小茂的叙旧待会再继续吧，正辉还在等我们。”大木博士打断了他们的对话，带着小智和小茂一行来到了一旁的实验室。
“小智你回来了，正要找你呢。我和大木博士有事要拜托你。”一进门，正辉热情的迎了上来。一身白色的科研服，十足的研究员的风范。
“什么事啊，正辉博士。”小智疑惑的看着他们。
“还不是你之前捕捉到的那些古代神奇宝贝，自打他们被传送回来，我们就着手研究他们的生活习性和各项数据，现在光研究报告就写了10几篇，你这个训练家不发话，我们也不好直接发布啊。”大木博士和正辉不好意思的搓着手。
“我还以为出了什么事，神秘兮兮的，我只是一个训练家，科研什么的还是交给您二位来吧，我没意见。”大木博士闻言，立刻拉着正辉投入了报告整理工作，小智反而被晾在了一边。
“没办法，爷爷他就是这个样子，一研究起来就什么也不顾了。不过话说回来，你的运气还真不错，居然抓到了古代神奇宝贝，要是我能在大傻谷多待一会就好了。”小茂无奈的说到。
“也许我真的运气好吧，不说了，我先去后院看看我的神奇宝贝了。”话不多说，小智暂时告别小茂，来到了研究所的后院。
研究所存放着许多从真新镇出发旅行训练家们的神奇宝贝，小智也放出了自己身上的神奇宝贝，“各位，把大家都叫来吧。”尼多王去了岩地，暴鲤龙钻进了水塘，耿鬼隐去身形不知道跑到哪儿去了，喷火龙在空中不断咆哮着呼唤着同伴。
不一会，所有的神奇宝贝都收到小智回来的消息，急匆匆的感到后院。火爆猴兴奋的又蹦又跳，比雕和大嘴雀也在欢快的鸣叫，看着自己众多神奇宝贝，小智由衷的开心。
要说有不合群的，还得说是那几只古代神奇宝贝，也许是身上食肉动物的气息让大家有些害怕吧，其他的神奇宝贝都自觉的远离了它们。
“不好意思，收服了你们却不能让你们露面，等到博士的研究报告已经公布，你们就可以顺利的出现在大众视野内了。”小智耐心的说着，也许是之前用正常战斗方式收服的原因，化石盔们没有显现出任何的不服从，很顺利的接纳了小智。化石翼龙也没有表现出太大的敌意，只是还是对喷火龙流露出浓厚战斗欲望。小智也不打算干预，这两只互相竞争只会越来越强。
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