在距离红莲岛不远处的新岛，一只紫色的神奇宝贝正在休息，这正是逃出常磐道馆的超梦，此刻的它眉头紧锁，似乎在做什么噩梦，睡梦中，它仿佛又回到了它诞生的地方，新岛研究所。
实验室内，不断翻腾着气泡的气泡的培养器里，一只紫色的神奇宝贝正在休眠，而它的周围是一群忙碌着记录数据的研究员。
突然，“我是谁，我在那？”心灵感应的声音出现在了实验室内，随着一阵玻璃碎裂的声音，培养器被震碎，研究员欣喜的围了上去，惊讶的发现那只神秘的神奇宝贝已经苏醒。
“你终于苏醒了，超梦。”研究员的首领欣喜的说到。
“超梦？这就是我的名字么。”超梦疑惑的说着。
“没错，你叫做超梦，是我们基于最稀有的神奇宝贝梦幻的基因研制出来的神奇宝贝，我们赋予了你生命。”研究员兴奋的说着。
“梦幻，那是我的父亲？还是母亲？亦或是我的兄弟姐妹？”超梦追问到。
“不，它并非你的父母，也不是你的兄弟姐妹，虽然你的存在是基于梦幻的基因，但是你的能力要更强大。”研究院解释道。
“是谁创造了我，是梦幻？还是自然？”超梦的情绪开始激动，追问着自己的身世。
“世界上只有两种东西能够创造生命，自然和人类。而我，创造了你。”研究院无比自豪的宣示着对超梦的主权。旁边的研究院纷纷兴奋的握手，庆祝这一试验成果的成功。
他们在清楚，在欢呼，丝毫没有注意到一旁的超梦已经到达了暴走的边缘，超梦看着自己的身体，又看了看远处屏幕上的超梦。再次发出了灵魂拷问，“我是谁？我在那？我被创造出来，有何目的？”
可是，没有人能回答它的问题，超梦终于忍受不了这个煎熬，爆发出强大的精神力，整个研究所在巨大的爆炸中毁于一旦。虽然研究所有应对突发事件的武器，但并未奏效，反而更加激怒了超梦，它不断的破坏着，摧毁了所有的科研器材。
伴随着爆炸声，超梦突然惊醒，原来这一切都是它的梦，不，确切的说应该是它最难忘记的记忆。随后，超梦似乎想到了什么，凝聚力量，使得新岛发生了翻天覆地的变化。只不过这座岛已经很久没有人烟，没有人注意到正在发生的一切。
另一边，朝着神奇宝贝大师为目标努力的小智正在为石英大会的比赛做准备，长时间的训练使得神奇宝贝们有些疲惫，于是一行人决定劳逸结合，小智带上了皮卡丘、喷火龙、妙蛙花、暴鲤龙、耿鬼、快龙，相约去海边度假。（微调了时间线）
一行人来到一处临近海边的草地，微风拂面，天气十分适合露营。小霞跑到海边玩水，一旁的可达鸭也带着泳圈嬉戏。小刚升起了火，准备着午餐，小智躺在软软的草地长，收获着久违的宁静。
就在这时，一个带着红色头巾的小哥走了过来，“喂，那边的小鬼，你就是真新镇的小智吗？听说你已经获得了8枚道馆徽章，敢不敢来跟我对战啊。”头巾男嚣张的挑衅着。
“对战的话我是不会拒绝的，放马过来吧。”小智瞬间来了精神，一个鲤鱼打挺，兴奋的说到。
“小智一有对战就来劲儿了。”小霞无奈的说到。
“来战吧，我的第一只就是它，去吧！”头巾男率先派出了自己的神奇宝贝，一只好像身穿着铠甲，还长着一只大象鼻子的神奇宝贝出现在众人面前。
“这是？顿甲！”小智说到，对方明显被小智的反应惊讶到了，“呦，挺有见识的，没想到还瞒不过你。”
随后，小智拿出图鉴记录着顿甲的信息，“顿甲，铠甲神奇宝贝，那锐利坚固的獠牙和更加结实的皮肤，使得它使出来的撞击绝招足以破坏房屋，獠牙会随着年纪增长而变大。”
“看起来这只神奇宝贝会有很高的攻击力，小智要小心哦。”小刚分析着。
“上吧，妙蛙花，就决定是你了。”小智稳扎稳打，派出了草系的妙蛙花。
战斗开始，头巾男率先发难，顿甲使出滚动攻击，速度惊人，妙蛙花一个不留神被正面命中，不过并无大碍。
“再来一次，滚动攻击。”头巾男乘胜追击。顿甲继续旋转，滚动攻击是随着攻击次数的增加威力不断增加的，再次袭来，威力果然大了几分。
不过小智也没有坐以待毙，“妙蛙花，阳光烈焰。”妙蛙花迅速凝聚着能量。
“顿甲，趁现在，撞上去吧！什么？！”就在顿甲的滚动马上就要命中时，阳光烈焰爆发，一道绿色的能量波将顿甲击飞，仅这一击就失去了战斗能力。头巾男疑惑的看着小智。
“今天天气不错，万里无云，是大晴天，所以我的妙蛙花的阳光烈焰才能瞬发。”小智解释道。
“切，算你好运，我的第二只就是它，上吧怪力！”头巾男继续派出怪力迎战。
“回来吧，妙蛙花！既然是格斗系，那么耿鬼，就决定是你了。”小智依旧延续属性克制战术，派出了幽灵系的耿鬼。
耿鬼一出现就没入地面消失，让怪力失去了攻击目标，本来格斗技能就对耿鬼无效，这下子更加陷入被动，耿鬼突然出现在怪力背后，一招催眠术，怪力陷入了睡眠，任凭头巾小哥怎么呼唤都不能醒来。
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