决赛日益临近，小智在准备比赛的同时又接到了一项重要任务，阿渡的嘱托让小智倍感压力，石英大会的决战已经不是小智和小银两个人的战斗了。
神奇宝贝中心，小智坐在电脑前考虑着决赛的上场阵容，小刚则在一旁出谋划策。电脑屏幕上，小银神奇宝贝的照片一张张划过，屏幕前的小智表情逐渐严肃。
“小银的阵容很平均，每只的实力都很不错，这点在之前的比赛中也展现出来了。目前来看，王牌选手就是狃拉和大力鳄，这两只的实力非同小可。但是小银自始至终只使用了5只神奇宝贝，除了那两只王牌，还有叉字蝠、耿鬼和三合一磁怪。这最后一直恐怕就会像阿渡先生所说的那样，是一只强力的神奇宝贝。”小刚在一旁谨慎的分析着，生怕自己错过什么细节。
小智没有讲话，只是微微点头，肯定了小刚的话。此时小智疯狂搜索着脑海中有关小银的信息，试图找出有关小银拥有的神奇宝贝的内容。“游戏中的那几只应该都在这儿了，漫画中，对了漫画中还有乌鸦头头、刺龙王和圈圈熊；特别版雷公的传说中也曾提到过尼多王。虽然还曾经拥有过神兽，但以目前的情况来看，可能性不大。如果仅仅是这样的话，那还不足为据，也只有阿渡说到的那个神秘的神奇宝贝球了。”小智心中思索着，但根本毫无头绪。
随后，小智突然灵光一闪，想到了什么，“难道说...看样子我还真得准备让闪电鸟出场了。”小智小声嘀咕着。
“小智你说什么？已经考虑好了么？”一旁的小刚没有听清，还以为小智已经决定好最终阵容了。
“没什么，基本确定了，既然不知道对方的底细，那就拿出我最强的阵容对抗。我选择相信我的伙伴。”小智坚定了自己的信念，决定遵从自己的内心，回归战斗。
“没错，你凭借自己的实力来到决赛，并不比小银差，全力战斗吧。”小刚听到后也认同了小智的决定。
就这样，小智选择拿出自己的最强阵容，但是阵容调整后才发现，小智还真是坐实了“飞行系大师”的宝座，除了耿鬼和皮卡丘，闪电鸟、喷火龙、化石翼龙、快龙、都存在飞行属性，小智也是无奈的摇了摇头。要不是因为小智的飞行系王牌比雕在半决赛中毒严重还在修养，小智完全可以组一套更加豪华的全飞行系战队。简单调整之后，小智就早早休息，准备养精蓄锐，以最好的状态迎接决赛。
深夜，小智他们安静的睡着，忽然，谁在床头的皮卡丘似乎觉察到了什么，猛地惊醒，随后朝着窗外看去，发现一个人影一闪而过，皮卡丘立刻叫醒了小智。
“怎么了皮卡丘？明天还要比赛啊，早点休息吧。”小智睡眼婆娑的坐起身来，一边揉着眼睛一边嘟囔着。皮卡丘依旧在一旁奋力的摇晃着小智，因为怕吵醒小霞他们，还刻意压低声音，皮卡皮卡的说着。
终于，小智逐渐意识到，皮卡丘并不是在闹，肯定是有事情发生了，“到底怎么回事啊皮卡丘？”小智询问道。
“皮卡，皮卡皮卡，丘，皮卡丘！”皮卡丘一阵连说带比划的，小智大致理解了它的意思。
“你是说刚才窗外有人？”见小智猜到了自己的意思，皮卡丘送了一口气。小智思索了一下，还是准备一探究竟，也来不及换衣服，带上皮卡丘，穿着睡衣跑了出去。
来到神奇宝贝中心的庭院，夜晚的石英高原一片寂静，只能听到几声虫鸣。四周并没有什么异常，小智在简单搜索了几圈之后，正准备放弃寻找返回宿舍睡觉的时候，那个黑影再次出现，一把将小智连同皮卡丘拖入草丛中，正当小智准备呼救的时候，看到来人的脸，小智瞬间捂住自己的嘴。
冷静下来后，小智才缓缓开口说到。“富士博士，您怎么在这儿？”没错，来人正是紫苑镇的富士博士，这个时间出现在这里，着实让小智有些惊讶。
“是我把他带来的。”这时，一个身影从树后出现，那熟悉的披风，小智一眼就认出了阿渡。
“阿渡？富士博士？你们把我搞晕了，这是怎么回事。”小智已经十分混乱了。
“是我拜托阿渡先生把我带来的，有重要的事情要的当面说。”富士博士解释道，随后从身后的背包中掏出了一个盒子。
“还记得当初我给你的那两颗石头么？”富士博士缓缓说道，小智突然意识到，富士博士这次的到来并不是那么简单，立刻点头表示自己记得。
“你离开紫苑镇后，在家无聊的我没有停止对那两颗石头的研究，偶然的机会，我在与卡洛斯地区的布拉塔诺博士交谈中提及此事，经过他的介绍，我认识了卡洛斯地区超级进化的传承者可可布尔先生。通过沟通后才发现，我交给你的那两颗石头正是超进化石。”富士博士娓娓道来，可简单的几句话却让小智十分震惊，虽然表面十分平静，但小智的内心已经掀起惊涛骇浪。尽管已经知道那两颗是超进化石，却没想到这么快就要公之于众。
“之后的沟通中，我逐渐了解了超进化，超进化又被称为Mega进化，这是超越了目前为止神奇宝贝可进化的界限，属于更上一层的进化。进行了超进化的神奇宝贝会暂时释放隐藏的力量，发挥无法透过一般进化拥有的能力。这种进化目前仅出现在特定的神奇宝贝身上。而且超进化是一种暂时性的状态，不能永久保持。”富士博士继续说道，“在8强赛，我看到了你的喷火龙的异常变化，之后我将视频发给了可可布尔先生后，得到了肯定的答复，你的喷火龙确实强行进行了超进化。”富士博士的话肯定了小智之前的猜想。
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